Existem fortes evidências históricas da presença de tribos indígenas assentadas na área hoje ocupada pela cidade de Bariloche. Acredita-se que a região do Lago Nahuel Huapi já possuia aseentamentos indigenas muito antes da chegadas dos primeiros colonizadores brancos.
Entre os séculos XVII e XVIII missionários chilenos passaram a viajar com freqüência para a área, entre eles Diego Rosales, Felipe Laguna, Nicolás Mascardi, e Juan José Guillelmo, porém o primeiro homem branco a colocar os pés na região, foi Francisco Moreno, oriundo da região do Atlântico.
Em 1895 a cidade foi fundada com a criação de um pequeno armazém por parte do alemão Karl Wierderhold, sendo que tornou-se San Carlos de Bariloche em 1902. Uma nota interessante ligada a Karl é que a arquitetura da área central tem forte influencia alemã.