A Colômbia tem sido habitada, pelo menos nos últimos 10.000 anos. No momento de sua colonização pelos espanhóis, a tribo dominante era a Chibcha, um povo culturalmente avançado e guerreiro.
A expedição espanhola liderada por Rodrigo de Bastidas chegou à costa caribenha da Colômbia, por volta de 1500. Em 1509 Aionso de Ojeda fundou uma colônia na costa oriental do golfo de Darien, mas os colonos foram logo expulsos pelos Chibchas. O primeiro assentamento permanente espanhol foi em Santa Marta, fundada na costa de Bastidas, em 1525. De Cartagena, que se tornou depois um importante porto, foi fundada em 1533.
Exploração do Território
Em 1536, Gonzalo Jiménez de Quesada saiu de Santa Marta para explorar o interior. Ele conquistou os povoados Chibchas no planalto de Bogotá e nomeou o território como Reino de Nova Granada. Santa Fé de Bogotá, que ele fundou em 1538, tornou-se o centro administrativo da região. Em 1564, Nova Granada, se tornou uma unidade política do sistema colonial espanhol, imediatamente abaixo de um vice-reinado. Foi então governado a partir de Lima, no Peru, até 1717, quando tornou-se um vice-reinado, com Bogotá como capital.
O Reino de Nova Granada foi a principal fonte de esmeraldas e tabaco para a Espanha. Os Índios e os africanos foram escravizados para trabalhar nas minas e nas fazendas (plantio). Os crioulos (espanhóis nascidos na colônia) geravam revoltas ocasionais contra a dominação espanhola. Eles queriam a reforma por causa dos altos impostos e restrições às suas atividades políticas e comerciais.
A Independência
Em 1810, o vice-rei de Nova Granada foi deposto, e a independência foi declarada em Bogotá. Este ato foi o início de uma revolução de nove anos contra a Espanha. Em 1819 General Simón Bolívar, da Venezuela e o da Colômbia, General Francisco de Paula Santander levaram seus exércitos revolucionários ao longo dos Andes da Venezuela. Os monarquistas espanhóis foram derrotados na decisiva Batalha de Boyacá, e os revolucionários formaram a República da Colômbia, com Bolívar como presidente.
Em 1821 o país foi renomeado Grande Colômbia, e Bogotá se tornou a capital. Panamá e Quito (hoje Equador) juntaram-se logo depois. A república entrou em colapso em 1830, quando a Venezuela e o Equador separaram-se da Colômbia. O território foi então reorganizado em 1831 como República de Nova Granada, e incluía os territórios da Colômbia e do Panamá. Santander em 1832 se tornou presidente da república.
Em 1858 o país foi reorganizada como a Confederação de Granada, uma associação de estados em grande parte autônoma. O nome foi mudado em 1863 para os Estados Unidos da Colômbia. O conflito entre aqueles que queriam autonomia regional no governo e aqueles que privilegiavam um estado central forte foi vencido pelo centralistas. Em 1886, uma constituição centralista foi aprovada, criando a República da Colômbia.
O Panamá
Em 1903 a Colômbia se recusou a autorizar os Estados Unidos a construir um canal através do istmo do Panamá. Com o incentivo dos Estados Unidos, o Panamá se separou da Colômbia. A independência do Panamá não foi oficialmente reconhecida pela Colômbia até 1921.
Em 1920, graves distúrbios sociais e a pressão crescente por parte dos camponeses e trabalhadores levou a um programa de reforma social gradual.